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真菌轉錄因子數據庫Fungal TFDB

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真菌轉錄因子數據庫Fungal TFDB

發布日期:2020-04-30 作者:xrk向日葵视频app下污 點擊:

轉錄因子(Transcription factors,TFs)在響應機體的信號進而控製基因表達過程中起著關鍵的作用。對TFs的係統性鑒定,分類和注釋,以及TF數據庫的構建,為研究轉錄因子的功能和進化提供了高效且有用的資源。


真菌轉錄因子數據庫FungalTFDB1.2(http://ftfd.snu.ac.kr/index.php?a=view)對249個真菌(包含6個卵菌)基因組的轉錄因子(Transcription Factor)和228個非真菌係的轉錄因子進行了歸納整理。基於轉錄因子家族分類,共獲得61個家族,包含118563個真菌轉錄因子序列。

1.數據庫主頁布局介紹


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1)         點擊FTFD標題框即可跳轉到主頁麵

2)         點擊About FTFD查看數據庫介紹信息。

3)         點擊 Browse TF Families跳轉到轉錄因子家族分類頁麵。展示每個家族包含的物種數和轉錄因子數。

4)          點擊Browse Species 跳轉到不同物種的轉錄因子分類頁麵。包含轉錄因子數和所占比率。

5)         點擊Browse Clusters 可查看不同轉錄因子的聚類關係。劃分為7類。

6)         點擊Search子模塊跳轉到搜索頁麵。輸入基因ID信息或者序列查詢相關注釋信息。

7)         點擊TF Family Map可查看轉錄因子家族圖譜。

8)         點擊TF-Matrix跳轉到至TF-Matrix說明界麵,然後點擊Apply。可查看TF Matrix

9)         點擊Blast跳轉到比對搜索頁麵。輸入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件,指定物種進行比對。

10)      點擊Download跳轉數據下載頁麵,可以下載各個物種分類的TF相關蛋白序列文件。

11)      各個主頁說明。

12)      發表文章引用信息。

2.查詢轉錄因子案例

2.1. 已知序列

點擊BLAST Search跳轉到轉錄因子預測頁麵,在文本框中輸入fasta格式(fasta 格式:大於號>後緊跟序列名,換行後是序列)序列信息(蛋白序列或gene序列)或直接點擊Choose File導入序列文件,如果是蛋白序列,則按默認blastp程序即可,同時可調整過濾閾值,再點擊Submit按鈕即可點擊Submit按鈕即可獲得比對結果。


2.png

如果隻有核苷酸序列文件,同樣可以比對預測。點擊Blast進入比對頁麵,在program選項中選擇Blastx模式,輸入fasta格式的核苷酸序列文件,點擊Submit按鈕即可獲得比對結果。

比對結果會列出預測序列同轉錄因子的匹配信息,並按E值從小到大依次列出。

 

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2.2.已知轉錄因子名、基因名、蛋白名

已知某個轉錄因子名字,以FH_Sn005為例。在主頁的菜單欄搜索框,點擊TF Search跳轉到搜索界麵。切換到TF Name,輸入FH_Sn005關鍵詞後點擊搜索按鈕,即可得到FH_Sn005相關的頁麵結果信息,結果頁麵展示了FH_Sn005相關的轉錄因子名、類型、轉錄因子家族信息。

4.png

 

點擊轉錄因子名可查看詳細信息。包括轉錄因子序列,保守motif結構域序列,InterPro 注釋結果等。

5.png

6.png

該數據庫還提供模糊搜索,輸入相關關鍵詞即可搜索。

 

7.png

用linux服務器進行批量分析

2.3.轉錄因子鑒定

在FungalTFDB線上數據框下載所有真菌轉錄因子蛋白序列文件,基於blast軟件進行比對分析,得到同源序列比對結果,則預測推斷這些序列具有同樣的TF功能。比對命令如下:

blastp –query query.pep.fa -db /path/Fungal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalsue 1e-10

比對完成後可得到如下文件,第二列為預測的TF結果。

8.png

還可以對轉錄因子家族進行統計並簡單作圖如下:

9.png

在得到目標的轉錄因子之後,可以根據轉錄因子motif網站 http://jaspar.genereg.net/  提供的motif序列,利用homer[2]軟件對目標序列(peak或者Promoter區域的序列)進行motif分析,得到目標區域的已知轉錄因子motif。然後根據peak或promoter關聯的基因及其注釋篩選出motif結合基因,對這些基因用clusterprofiler 軟件做GO富集分析,最後利用Cytoscape做成網絡互作圖。示例結果如下:


10.png


IP類產品:ChIP-seq,DAP-seq,CLIP-seqRIP-seq,DRIP-seq,6mA-IPseq,MeRIP-seq,IP,Co-IP

測序產品:WGBS,ATAC-seq,WGS,RAD/GBS,smallRNA,LncRNA,轉錄組,精準轉錄組,全轉錄組,降解組

分子產品:EMSA,Y1H,Y2H,分子標記,熒光定量,載體構建

新星產品:ScWGBS,ScATAC,ScRNA-seq,CUT&RUN,CUT&Tag

其他產品:代謝組,修飾酶組






本文網址:http://www.celebsonice.com/news/518.html

關鍵詞:轉錄因子,ChIP,數據庫

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