真菌轉錄因子數據庫Fungal TFDB

發布日期：2020-04-30 作者：xrk向日葵视频app下污點擊：

轉錄因子（Transcription factors，TFs）在響應機體的信號進而控製基因表達過程中起著關鍵的作用。對TFs的係統性鑒定，分類和注釋，以及TF數據庫的構建，為研究轉錄因子的功能和進化提供了高效且有用的資源。

真菌轉錄因子數據庫FungalTFDB1.2（http://ftfd.snu.ac.kr/index.php?a=view）對249個真菌（包含6個卵菌）基因組的轉錄因子（Transcription Factor）和228個非真菌係的轉錄因子進行了歸納整理。基於轉錄因子家族分類，共獲得61個家族，包含118563個真菌轉錄因子序列。

1.數據庫主頁布局介紹

1) 點擊FTFD標題框即可跳轉到主頁麵

2) 點擊About FTFD查看數據庫介紹信息。

3) 點擊 Browse TF Families跳轉到轉錄因子家族分類頁麵。展示每個家族包含的物種數和轉錄因子數。

4) 點擊Browse Species 跳轉到不同物種的轉錄因子分類頁麵。包含轉錄因子數和所占比率。

5) 點擊Browse Clusters 可查看不同轉錄因子的聚類關係。劃分為7類。

6) 點擊Search子模塊跳轉到搜索頁麵。輸入基因ID信息或者序列查詢相關注釋信息。

7) 點擊TF Family Map可查看轉錄因子家族圖譜。

8) 點擊TF-Matrix跳轉到至TF-Matrix說明界麵，然後點擊Apply。可查看TF Matrix。

9) 點擊Blast跳轉到比對搜索頁麵。輸入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件，指定物種進行比對。

10) 點擊Download跳轉數據下載頁麵，可以下載各個物種分類的TF相關蛋白序列文件。

11) 各個主頁說明。

12) 發表文章引用信息。

2.查詢轉錄因子案例

2.1. 已知序列

點擊BLAST Search跳轉到轉錄因子預測頁麵，在文本框中輸入fasta格式（fasta 格式：大於號>後緊跟序列名，換行後是序列）序列信息（蛋白序列或gene序列）或直接點擊Choose File導入序列文件，如果是蛋白序列，則按默認blastp程序即可，同時可調整過濾閾值，再點擊Submit按鈕即可點擊Submit按鈕即可獲得比對結果。

如果隻有核苷酸序列文件，同樣可以比對預測。點擊Blast進入比對頁麵，在program選項中選擇Blastx模式，輸入fasta格式的核苷酸序列文件，點擊Submit按鈕即可獲得比對結果。

比對結果會列出預測序列同轉錄因子的匹配信息，並按E值從小到大依次列出。

2.2.已知轉錄因子名、基因名、蛋白名

已知某個轉錄因子名字，以FH_Sn005為例。在主頁的菜單欄搜索框，點擊TF Search跳轉到搜索界麵。切換到TF Name，輸入FH_Sn005關鍵詞後點擊搜索按鈕，即可得到FH_Sn005相關的頁麵結果信息，結果頁麵展示了FH_Sn005相關的轉錄因子名、類型、轉錄因子家族信息。

點擊轉錄因子名可查看詳細信息。包括轉錄因子序列，保守motif結構域序列，InterPro 注釋結果等。

該數據庫還提供模糊搜索，輸入相關關鍵詞即可搜索。

用linux服務器進行批量分析

2.3.轉錄因子鑒定

在FungalTFDB線上數據框下載所有真菌轉錄因子蛋白序列文件，基於blast軟件進行比對分析，得到同源序列比對結果，則預測推斷這些序列具有同樣的TF功能。比對命令如下：

blastp –query query.pep.fa -db /path/Fungal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalsue 1e-10

比對完成後可得到如下文件，第二列為預測的TF結果。

還可以對轉錄因子家族進行統計並簡單作圖如下：

在得到目標的轉錄因子之後，可以根據轉錄因子motif網站 http://jaspar.genereg.net/ 提供的motif序列，利用homer[2]軟件對目標序列（peak或者Promoter區域的序列）進行motif分析，得到目標區域的已知轉錄因子motif。然後根據peak或promoter關聯的基因及其注釋篩選出motif結合基因，對這些基因用clusterprofiler 軟件做GO富集分析，最後利用Cytoscape做成網絡互作圖。示例結果如下：

IP類產品：ChIP-seq,DAP-seq，CLIP-seq，RIP-seq，DRIP-seq，6mA-IPseq，MeRIP-seq，IP，Co-IP

測序產品：WGBS，ATAC-seq，WGS，RAD/GBS，smallRNA，LncRNA，轉錄組，精準轉錄組，全轉錄組，降解組

分子產品：EMSA，Y1H，Y2H，分子標記，熒光定量，載體構建

新星產品：ScWGBS，ScATAC，ScRNA-seq，CUT&RUN，CUT&Tag

其他產品：代謝組，修飾酶組

本文網址：http://www.celebsonice.com/news/518.html

關鍵詞：轉錄因子,ChIP,數據庫

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