武漢xrk向日葵视频app下污生物科技有限公司
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1.數據庫主頁布局介紹
1) 點擊FTFD標題框即可跳轉到主頁麵
2) 點擊About FTFD查看數據庫介紹信息。
3) 點擊 Browse TF Families跳轉到轉錄因子家族分類頁麵。展示每個家族包含的物種數和轉錄因子數。
4) 點擊Browse Species 跳轉到不同物種的轉錄因子分類頁麵。包含轉錄因子數和所占比率。
5) 點擊Browse Clusters 可查看不同轉錄因子的聚類關係。劃分為7類。
6) 點擊Search子模塊跳轉到搜索頁麵。輸入基因ID信息或者序列查詢相關注釋信息。
7) 點擊TF Family Map可查看轉錄因子家族圖譜。
8) 點擊TF-Matrix跳轉到至TF-Matrix說明界麵,然後點擊Apply。可查看TF Matrix。
9) 點擊Blast跳轉到比對搜索頁麵。輸入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件,指定物種進行比對。
10) 點擊Download跳轉數據下載頁麵,可以下載各個物種分類的TF相關蛋白序列文件。
11) 各個主頁說明。
12) 發表文章引用信息。
2.查詢轉錄因子案例
點擊BLAST Search跳轉到轉錄因子預測頁麵,在文本框中輸入fasta格式(fasta 格式:大於號>後緊跟序列名,換行後是序列)序列信息(蛋白序列或gene序列)或直接點擊Choose File導入序列文件,如果是蛋白序列,則按默認blastp程序即可,同時可調整過濾閾值,再點擊Submit按鈕即可點擊Submit按鈕即可獲得比對結果。
如果隻有核苷酸序列文件,同樣可以比對預測。點擊Blast進入比對頁麵,在program選項中選擇Blastx模式,輸入fasta格式的核苷酸序列文件,點擊Submit按鈕即可獲得比對結果。
比對結果會列出預測序列同轉錄因子的匹配信息,並按E值從小到大依次列出。
已知某個轉錄因子名字,以FH_Sn005為例。在主頁的菜單欄搜索框,點擊TF Search跳轉到搜索界麵。切換到TF Name,輸入FH_Sn005關鍵詞後點擊搜索按鈕,即可得到FH_Sn005相關的頁麵結果信息,結果頁麵展示了FH_Sn005相關的轉錄因子名、類型、轉錄因子家族信息。
點擊轉錄因子名可查看詳細信息。包括轉錄因子序列,保守motif結構域序列,InterPro 注釋結果等。
該數據庫還提供模糊搜索,輸入相關關鍵詞即可搜索。
在FungalTFDB線上數據框下載所有真菌轉錄因子蛋白序列文件,基於blast軟件進行比對分析,得到同源序列比對結果,則預測推斷這些序列具有同樣的TF功能。比對命令如下:
blastp –query query.pep.fa -db /path/Fungal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalsue 1e-10
比對完成後可得到如下文件,第二列為預測的TF結果。
還可以對轉錄因子家族進行統計並簡單作圖如下:
在得到目標的轉錄因子之後,可以根據轉錄因子motif網站 http://jaspar.genereg.net/ 提供的motif序列,利用homer[2]軟件對目標序列(peak或者Promoter區域的序列)進行motif分析,得到目標區域的已知轉錄因子motif。然後根據peak或promoter關聯的基因及其注釋篩選出motif結合基因,對這些基因用clusterprofiler 軟件做GO富集分析,最後利用Cytoscape做成網絡互作圖。示例結果如下:
IP類產品:ChIP-seq,DAP-seq,CLIP-seq,RIP-seq,DRIP-seq,6mA-IPseq,MeRIP-seq,IP,Co-IP
測序產品:WGBS,ATAC-seq,WGS,RAD/GBS,smallRNA,LncRNA,轉錄組,精準轉錄組,全轉錄組,降解組
分子產品:EMSA,Y1H,Y2H,分子標記,熒光定量,載體構建
新星產品:ScWGBS,ScATAC,ScRNA-seq,CUT&RUN,CUT&Tag
其他產品:代謝組,修飾酶組
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