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轉錄因子(Transcription factors,TFs)在控製基因表達中起著關鍵的作用。對TFs的係統性識別和注釋,隨後是TF數據庫的構建,可能充當了研究轉錄因子的功能和進化的有用資源。JASPAR(http://jaspar.genereg.net/)是一個免費公開的轉錄因子數據庫,數據庫中收錄了轉錄因子的motif信息,可以用來預測轉錄因子與序列的結合區域。
1) 點擊Search跳轉搜索頁麵。可輸入TF名稱、ID、物種等信息進行搜索。
2) 點擊Browse ASPAR CORE跳轉到JASPAR的核心數據庫頁麵。展示TF motif家族分類信息。
3) 點擊Unvalidated Profiles跳轉未經驗證的數據庫頁麵。展示TF motif家族分類信息。
4) 點擊Browse Collections跳轉不同分類數據庫頁麵。展示各自TF motif家族分類信息。
5) 點擊Tools跳轉到工具頁麵。主要是TF結合位點預測和TF motif預測。
6) 點擊Download Data進入數據庫下載地址頁麵。
在JASPAR數據庫中,提供了9種不同來源和類別的轉錄因子信息。其中JASPAR CORE是核心數據集,其他每個數據集都是一個小的子集,core 則是整合了所有這些子集,從而構建的非冗餘數據集。
這個分類下均是從文獻中收集的,有實驗證據支持的真核生物轉錄因子motif信息,同時經過了人工核對,是一個非冗餘的且高質量的TF motif數據庫,該分類是整個數據庫中的核心,也各個科學家最常用的數據庫分類。每個motif編號以MA開頭。
Collection CNE數據集包含了233個調控人類非編碼基因的轉錄因子motif信息,編號以CN開頭。
Collection FAM整理的是轉錄因子的類別class信息,多個轉錄因子可以擁有相同的調控序列,將調控序列相同的轉錄因子歸為一類。每個class的編號以MF開頭。
Collection PBM下是利用體外技術分析了104個小鼠的轉錄因子後得到的motif信息,每個motif編號以PB開頭。
PBM HLH與PBM類似,隻不過該類別下是 C. elegans bHLH的19個轉錄因子的信息,物種不同,每個motif編號以PL開頭。
Collection PBM HOMEO包含的是小鼠的轉錄因子motif信息,每個motif編號以PH開頭。
Collection PHYLOFACTS下分析的是哺乳動物進化保守基因的轉錄因子motif信息,每個motif的編號以PF開頭。
Collection POLII包含了RNA聚合酶結合區域的motif序列,每個motfi編號以PL開頭。
Collection SPLICE包含的是人類剪切位點的motif序列,每個motif編號以SA開頭。
已知轉錄因子ID查詢其相關信息。以SPI1為例,點擊主頁上的Search進入搜索頁麵,在搜索框中輸入SPI1進行查詢,頁麵提供檢索功能,根據物種信息、TF分類信息等等進行精確搜索。
搜索結果可以反饋很多詳細信息,如該TF在數據庫中的ID、物種、TF分類、家族信息、moitf log。點擊ID可以跳轉至該motif更詳細的信息。
已知一段蛋白序列查詢JASPAR中轉錄因子結合位點。點擊主頁中Tools下的Profile Inference跳轉至搜索頁麵,在搜索框中輸入一段蛋白序列即可查詢結果。結果展示相關motif的相關信息。點擊其ID可以查詢更多信息。
軟件預測出了motif信息,查詢其相近的motif。點擊主頁中Tools下的Matrix Align跳轉至比對頁麵,在搜索框中輸入PFM 格式的矩陣,選擇數據集和物種信息,即可查詢比對結果。結果展示相關motif的相關信息。點擊其ID可以查詢更多信息。
利用在線工具得到TF相關motif矩陣信息後,可以用fimo軟件進行其在DNA序列上的結合位點預測。隻需輸入motif的PFM格式(MEME版本)的矩陣文件和DNA序列文件(fasta格式),用fimo軟件運行即可得到預測的結合位點信息。命令如下:
/path/software/fimo MA0935.1.meme seq.fa --oc output
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