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JASPAR數據庫使用

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JASPAR數據庫使用

發布日期:2020-05-08 作者:xrk向日葵视频app下污 點擊:

 轉錄因子(Transcription factorsTFs)在控製基因表達中起著關鍵的作用。對TFs的係統性識別和注釋,隨後是TF數據庫的構建,可能充當了研究轉錄因子的功能和進化的有用資源。JASPAR(http://jaspar.genereg.net/)是一個免費公開的轉錄因子數據庫,數據庫中收錄了轉錄因子的motif信息,可以用來預測轉錄因子與序列的結合區域。

1.       數據庫主頁布局介紹

轉錄因子


1)         點擊Search跳轉搜索頁麵。可輸入TF名稱、ID、物種等信息進行搜索。

2)         點擊Browse   ASPAR CORE跳轉到JASPAR的核心數據庫頁麵。展示TF motif家族分類信息。

3)         點擊Unvalidated Profiles跳轉未經驗證的數據庫頁麵。展示TF motif家族分類信息。

4)         點擊Browse Collections跳轉不同分類數據庫頁麵。展示各自TF motif家族分類信息。

5)         點擊Tools跳轉到工具頁麵。主要是TF結合位點預測和TF motif預測。

6)         點擊Download Data進入數據庫下載地址頁麵。


 

2.       數據庫分類

JASPAR數據庫中,提供了9種不同來源和類別的轉錄因子信息。其中JASPAR CORE是核心數據集,其他每個數據集都是一個小的子集,core 則是整合了所有這些子集,從而構建的非冗餘數據集。

2.1.    JASPAR CORE

這個分類下均是從文獻中收集的,有實驗證據支持的真核生物轉錄因子motif信息,同時經過了人工核對,是一個非冗餘的且高質量的TF motif數據庫,該分類是整個數據庫中的核心,也各個科學家最常用的數據庫分類。每個motif編號以MA開頭。

轉錄因子


2.2.    Collection CNE

Collection CNE數據集包含了233個調控人類非編碼基因的轉錄因子motif信息,編號以CN開頭。

轉錄因子


2.3.    Collection FAM

Collection FAM整理的是轉錄因子的類別class信息,多個轉錄因子可以擁有相同的調控序列,將調控序列相同的轉錄因子歸為一類。每個class的編號以MF開頭。

轉錄因子


2.4.    Collection PBM

Collection PBM下是利用體外技術分析了104個小鼠的轉錄因子後得到的motif信息,每個motif編號以PB開頭。

轉錄因子


2.5.    Collection PBM HLH

PBM HLHPBM類似,隻不過該類別下是 C. elegans bHLH19個轉錄因子的信息,物種不同,每個motif編號以PL開頭。

轉錄因子


2.6.    Collection PBM HOMEO

Collection PBM HOMEO包含的是小鼠的轉錄因子motif信息,每個motif編號以PH開頭。

轉錄因子


2.7.    Collection PHYLOFACTS

Collection PHYLOFACTS下分析的是哺乳動物進化保守基因的轉錄因子motif信息,每個motif的編號以PF開頭。

 

轉錄因子


2.8.    Collection POLII

Collection POLII包含了RNA聚合酶結合區域的motif序列,每個motfi編號以PL開頭。

轉錄因子


2.9.    Collection SPLICE

Collection SPLICE包含的是人類剪切位點的motif序列,每個motif編號以SA開頭。

轉錄因子


3.       查詢轉錄因子

已知轉錄因子ID查詢其相關信息。以SPI1為例,點擊主頁上的Search進入搜索頁麵,在搜索框中輸入SPI1進行查詢,頁麵提供檢索功能,根據物種信息、TF分類信息等等進行精確搜索。

轉錄因子


搜索結果可以反饋很多詳細信息,如該TF在數據庫中的ID、物種、TF分類、家族信息、moitf log。點擊ID可以跳轉至該motif更詳細的信息。

轉錄因子


4.       查詢TF結合位點

已知一段蛋白序列查詢JASPAR中轉錄因子結合位點。點擊主頁中Tools下的Profile Inference跳轉至搜索頁麵,在搜索框中輸入一段蛋白序列即可查詢結果。結果展示相關motif的相關信息。點擊其ID可以查詢更多信息。


轉錄因子


轉錄因子


5.       查詢預測的motif

軟件預測出了motif信息,查詢其相近的motif。點擊主頁中Tools下的Matrix Align跳轉至比對頁麵,在搜索框中輸入PFM 格式的矩陣,選擇數據集和物種信息,即可查詢比對結果。結果展示相關motif的相關信息。點擊其ID可以查詢更多信息。

轉錄因子


轉錄因子


 

6.       linux服務器預測motifDNA序列上的結合位點

利用在線工具得到TF相關motif矩陣信息後,可以用fimo軟件進行其在DNA序列上的結合位點預測。隻需輸入motifPFM格式(MEME版本)的矩陣文件和DNA序列文件(fasta格式),用fimo軟件運行即可得到預測的結合位點信息。命令如下:


/path/software/fimo MA0935.1.meme seq.fa --oc output

轉錄因子


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本文網址:http://www.celebsonice.com/news/519.html

關鍵詞:轉錄因子,ChIP,數據庫

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