您好!歡迎來到武漢xrk向日葵app色板生物科技有限公司的官方網站!

表觀組學技術服務

新聞分類

產品分類

聯係xrk向日葵app

武漢xrk向日葵视频app下污生物科技有限公司

電話:027-87606602(市場部)  

          027-62431231(行政部)

Q Q : 270105245   465436937   

         1511879086   812115916

傳真:027-87606602

郵箱:support@celebsonice.com

地址:武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物園高農國際1棟  

網址:www.celebsonice.com


動物轉錄因子數據庫Animal TFDB動物轉錄因子數據庫Animal TFDB

您的當前位置: 首 頁 >> 新聞中心 >> 技術知識

動物轉錄因子數據庫Animal TFDB動物轉錄因子數據庫Animal TFDB

發布日期:2020-05-09 作者:xrk向日葵视频app下污 點擊:

       轉錄因子(Transcription factors,TFs)在調控基因表達中起著關鍵的作用。隨著被鑒定TFs越來越多,係統性識別和注釋以及匯總,再進一步的構建TFs相關數據庫,成為研究轉錄因子的功能和進化的有力資源。動物轉錄因子數據庫AnimalTFDB3.0(對97個動物基因組的轉錄因子(Transcription Factor)和轉錄輔助因子(Transcription cofactor)進行了歸納整理。基於DNA結合結構域,將動物轉錄因子分成了73個基因家族,將轉錄輔助因子分成了83個基因家族。此外,動物轉錄因子分為六大類(Basic Domain Group、Zinc-Coordinating Group、Beta-Scaffold Factors、Helix-turn-helix、Other Alpha-Helix Group和Unclassified Structure),動物轉錄輔助因子也分為六大類(Co-activator/repressors、Chromatin Remodeling Factors、General Cofactors、Histone-modifying Enzymes、Cell Cycle和Other Cofactors)。xrk向日葵视频app下污看到的AnimalTFDB 3.0版本的數據庫是華中科技大學郭安源教授團隊建立並維護的。

       快速了解使用點擊視頻觀看

       1.    數據庫主頁布局介紹

轉錄因子

       1)         點擊Home即可跳轉到主頁麵

       2)         點擊Family跳轉到TF分類家族頁麵。展示TF家族分類信息。

       3)         點擊Species跳轉到根據物種分類頁麵。展示根據不同物種歸類的TF信息。

       4)         點擊Search跳轉到搜索頁麵。輸入基因ID信息查詢相關注釋信息。

       5)         點擊Predict TF跳轉到TF預測頁麵。輸入fasta格式的蛋白序列文件,基本比對方法預測TF。

       6)         點擊Predict TFBS跳轉到TF結合位點預測頁麵。輸入fasta格式的核苷酸序列文件,基本比對方法預測TFBS。

       7)         點擊Blast跳轉到比對搜索頁麵。輸入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件,指定物種進行比對。

       8)         點擊Download跳轉數據下載頁麵,可以下載各個物種分類的TF相關蛋白序列文件。

       9)         各個主頁說明。

       10)     發表文章引用信息。

       2.    查詢轉錄因子案例

       2.1.   已知序列

       點擊Predict TF跳轉到轉錄因子預測頁麵,在文本框中輸入fasta格式(fasta 格式:大於號>後緊跟序列名,換行後是序列)的蛋白序列信息(隻支持蛋白序列文件),再點擊Submit按鈕即可將任務提交給後台運行,如果序列數據不多很快就可以反饋結果,點擊show按鈕查看詳細的比對信息。

轉錄因子

       如果隻有核苷酸序列文件,同樣可以比對預測。點擊Blast進入比對頁麵,在program選項中選擇Blastx模式,輸入fasta格式的核苷酸序列文件,選擇物種信息後點擊Submit按鈕即可將任務提交給後台運行。隨後返回比對結果。

轉錄因子


       2.2.   已知轉錄因子名字

       已知某個轉錄因子名字,以AP-2為例。在主頁的右上角有一個搜索框,輸入AP-2關鍵詞後點擊搜索按鈕,即可得到AP-2相關的頁麵結果信息,結果頁麵展示了AP-2相關基因的ID、物種和注釋信息。可以通過物種篩選按鈕,根據物種類別進行篩選。

還有另外一個方法,點擊進入Family主頁麵,頁麵展示的是不同分類的家族TF信息。找到AP-2家族後點擊進入家族頁麵,頁麵展示了不同物種的AP-2轉錄因子信息,點擊某個物種即可查詢該物種TF信息。

轉錄因子

轉錄因子

轉錄因子

       xrk向日葵app以人的轉錄因子AP-2α為例來介紹一下數據庫的小細節,讓xrk向日葵app色板有更加深入的了解。

       通過點擊首頁 TF species(頁麵一度萌化我的心),常用物種會在最上端Favorite中。點擊human找到AP-2。

轉錄因子

       進入Homo sapiens Family: AP-2,其中有5個成員

轉錄因子

       1)         轉錄因子 ID

       2)         點擊Entrez ID 會直接鏈接至NCBI數據庫相應gene信息

       3)         轉錄因子簡短介紹

       4)         氨基酸序列

       5)         轉錄因子AP-2的DNA 結合區域Weblogo展示

       點擊Ensemble ID進入AP-2α詳細界麵,板塊都在左側列出:

轉錄因子

       1)         Gene Card,詳細給出轉錄因子名稱,染色體位置,簡短介紹,轉錄本信息,蛋白信息等;

       2)         Gene model,目前預測出的基因類型;

       3)         Domain,蛋白功能結構域,鏈接Pfam ID;

       4)         Gene Ontology(GO)描述分子功能;

       5)         GWAS,轉錄因子相關連鎖分析表型,包含SNP,堿基突變的位點類型,以及突變引起的疾病類型;

       6)         Phenotype,不同表型

       7)         TFBs,轉錄因子結合基序,轉錄因子ChIP-seq實驗得到的motif

       8)         PPI,轉錄因子蛋白互作網絡

       9)         Paralog,同源(基因):同一物種由於基因複製產生的同源。通常比較這些基因時,它們可能已經彼此具有了新的(不同)功能,也可能已經成為假基因了。

       10)     Ortholog,不同的物種間的,在物種形成過程中源自某一共同祖先的基因。從進化的角度來看,這類基因通常具有相同的功能。

       11)     Expression,轉錄因子在不同細胞類型中的表達統計

       3.    轉錄因子結合位點預測

       已知一段DNA序列查詢其潛在的TF binding site,點擊Predict TFBS進入主頁麵,輸入fasta格式的核苷酸序列,點擊Submit按鈕即可將任務提交給後台運行,結果反饋預測的TF binding site信息。還可以根據TF家族分類進行篩選。

轉錄因子

       4.    用linux服務器進行批量分析

       4.1.   轉錄因子鑒定

       在AnimalTFDB線上數據框下載所有動物轉錄因子蛋白序列文件,基於blast軟件進行比對分析,得到同源序列比對結果,則預測推斷這些序列具有同樣的TF功能。比對命令如下:

blastp –query query.pep.fa -db /path/animal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalsue 1e-10

       比對完成後可得到如下文件,第二列為預測的TF結果。

轉錄因子


 

 

       還可以對轉錄因子家族進行統計並簡單作圖如下:

轉錄因子


 

 

       在得到目標的轉錄因子之後,可以根據轉錄因子motif網站 http://jaspar.genereg.net/  提供的motif序列,利用homer[2]軟件對目標序列(peak或者Promoter區域的序列)進行motif分析,得到目標區域的已知轉錄因子motif。然後根據peak或promoter關聯的基因及其注釋篩選出motif結合基因,對這些基因用clusterprofiler 軟件做GO富集分析,最後利用Cytoscape做成網絡互作圖。示例結果如下:

轉錄因子


       IP類產品:ChIP-seq,DAP-seq,CLIP-seqRIP-seq,DRIP-seq,6mA-IPseq,MeRIP-seq,IP,Co-IP

       測序產品:WGBS,ATAC-seq,WGS,RAD/GBS,smallRNA,LncRNA,轉錄組,精準轉錄組,全轉錄組,降解組

       分子產品:EMSA,Y1H,Y2H,分子標記,熒光定量,載體構建

       新星產品:ScWGBS,ScATAC,ScRNA-seq,CUT&RUN,CUT&Tag

       其他產品:代謝組,修飾酶組


本文網址:http://www.celebsonice.com/news/520.html

關鍵詞:轉錄因子,ChIP,數據庫

最近瀏覽:

聯係xrk向日葵app

企業名稱:武漢xrk向日葵app色板生物科技有限公司

電話:027-87606602(市場部)  027-62431231(行政部)

Q Q :  270105245   1511879086  

          465436937   812115916

傳真:027-87606602

郵箱:support@celebsonice.com

地址:武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物

          園高農國際1棟  

網址:www.celebsonice.com


表觀組學技術服務

熱推產品  |  主營區域: 江蘇 天津 武漢 上海 北京 湖北
  • 在線客服
  • 聯係電話

    027-87606602

  • 在線留言
  • 官方微信
  • 在線谘詢
    歡迎給xrk向日葵视频app下污留言
    請在此輸入留言內容,xrk向日葵视频app下污會盡快與您聯係。
    姓名
    聯係人
    電話
    座機/手機號碼
    郵箱
    郵箱
    地址
    地址