啟動子查找以及轉錄因子結合位點預測

發布日期：2020-05-15 作者：xrk向日葵app色板點擊：

啟動子是RNA 聚合酶識別、結合和開始轉錄的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特異性結合和轉錄起始所需的保守序列，多數位於結構基因轉錄起始點的上遊,啟動子本身不被轉錄，但他能通過與轉錄因子結合進而調控基因的轉錄過程。今天xrktw向日葵下载就來介紹一下如何通過網站工具就能查找目標基因的啟動子序列，以及利用啟動子序列進行轉錄因子的預測分析。

一、搜索目標基因獲取啟動子序列

打開NCBI 將目標基因ID （如果是輸入 gene symbol ,最好加上物種名）輸入搜索框，同時選擇gene 部分。如下圖：

轉錄因子

得到結果如下圖，首先xrk向日葵app需要確定基因組的版本是否與自己分析的基因組版本一致。通過第一個箭頭位置可以判斷基因組的版本。然後xrk向日葵app需要判斷該基因的方向（第二個箭頭位置），方向朝右為正向，方向朝左為負向。確認完畢後，點擊第三個箭頭所指的FASTA 跳轉到該基因的序列信息頁麵。

轉錄因子

基因的序列信息如下界麵所示。首先看到右邊的step1位置，這裏可以選擇顯示的區間位置。啟動子區域xrk向日葵视频app下污一般認為是基因的轉錄起始位點上遊2KB區域，如果基因在正鏈上，則xrk向日葵视频app下污將 from 中的位置減去2000 作為promoter的起始位點，from中的位置作為promoter的終止位點。如果基因在負鏈上，則xrktw向日葵下载將 to 中的位置加上2000 作為promoter的終止位點，to中的位置作為promoter的起始位點。最後點擊update View 按鈕：

轉錄因子