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啟動子查找以及轉錄因子結合位點預測

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啟動子查找以及轉錄因子結合位點預測

發布日期:2020-05-15 作者:xrk向日葵app色板 點擊:

        啟動子是RNA 聚合酶識別、結合和開始轉錄的一段DNA 序列,它含有RNA 聚合酶特異性結合和轉錄起始所需的保守序列,多數位於結構基因轉錄起始點的上遊,啟動子本身不被轉錄,但他能通過與轉錄因子結合進而調控基因的轉錄  過程。今天xrktw向日葵下载就來介紹一下如何通過網站工具就能查找目標基因的啟動子序列,以及利用啟動子序列進行轉錄因子的預測分析。


一、 搜索目標基因獲取啟動子序列

     打開NCBI 將目標基因ID (如果是輸入 gene symbol ,最好加上物種名)輸入搜索框,同時選擇gene 部分。如下圖:

轉錄因子

得到結果如下圖,首先xrk向日葵app需要確定基因組的版本是否與自己分析的基因組版本一致。通過第一個箭頭位置可以判斷基因組的版本。然後xrk向日葵app需要判斷該基因的方向(第二個箭頭位置),方向朝右為正向,方向朝左為負向。確認完畢後,點擊第三個箭頭所指的FASTA 跳轉到該基因的序列信息頁麵。

轉錄因子

基因的序列信息如下界麵所示。首先看到右邊的step1位置,這裏可以選擇顯示的區間位置。啟動子區域xrk向日葵视频app下污一般認為是基因的轉錄起始位點上遊2KB區域,如果基因在正鏈上,則xrk向日葵视频app下污將 from 中的位置減去2000 作為promoter的起始位點,from中的位置作為promoter的終止位點。如果基因在負鏈上,則xrktw向日葵下载將 to 中的位置加上2000 作為promoter的終止位點,to中的位置作為promoter的起始位點。最後點擊update View 按鈕:

轉錄因子

更新頁麵後,點擊step2 按鈕,按如下箭頭所示選擇即可保存該基因的promoter 序列到本地文件:

轉錄因子

以上就是查找基因的啟動子區域的普適性方法了。不知道大家會了沒有呢……

 

二.轉錄因子結合位點預測

植物轉錄因子結合位點預測

轉錄因子

粘貼目標基因的fasta格式序列到文本框,或者直接將序列文件上傳到網頁上均可點擊 prediction 按鈕即可。結果如下界麵

轉錄因子

結果文件中的motif 列以及family列 都結果都可以點擊之後查看具體的mitif 信息以及轉錄因子信息。示例如下圖,具體的意義大家可以點擊 ?help 查看幫助文檔即可。

轉錄因子


動物轉錄因子結合位點預測

轉錄因子


動物轉錄因子結合位點的預測直接輸入需要預測結合位點的DNA序列點擊summit 即可,直接將序列粘貼到輸入框中即可。得到信息見右邊的空白部分。如下圖:

轉錄因子

根據結果選擇最低的Q-value 或者老師關心的TF即可。但比較可惜的是沒有更多的擴展內容供老師參考。僅能知道預測得到的TF以及對應的序列等信息。

 

這樣轉錄因子結合位點的預測就完成了。


      轉錄因子

本文網址:http://www.celebsonice.com/news/523.html

關鍵詞:轉錄因子,啟動子,基因

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