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Cistrome DB:人和小鼠的ChIP-seq數據庫

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Cistrome DB:人和小鼠的ChIP-seq數據庫

發布日期:2020-05-20 作者:xrktw向日葵下载 點擊:

         Cistrome DB是一個較為全麵且公開的人類和小鼠ChIP-seq及開放染色質信息資源數據庫。其中的數據囊括了NCBI、ENCODE和一些表觀基因組學項目樣本中相關信息。該數據庫係統地為每個樣本標注了以下元數據:物種、生物來源(細胞係/種群、細胞類型、組織來源、疾病狀態)、轉錄因子名稱、PubMed ID和引文。元數據從對應條目中自動解析,然後可手動選擇轉錄因子名稱和生物源,以確保相關信息的一致性。ChIP-seq和開放染色質數據數量自2007年以來顯著增加。數據庫總共包含23319個ChIP-seq和染色質接近性樣本數據,其中小鼠9953個,13366個為人類。其中,轉錄因子和染色質調控因子的ChIP-seq是10276個,組蛋白修飾和變異的ChIP-seq為10680個,染色質可接近性1370個,其餘993個被歸為其他類。這些樣本數據包括人類713個不同的TFs和76個組蛋白修飾/變異,小鼠480個TFs和71個組蛋白修飾/變異。

 

         Cistrome DB可查找哪些factor調節了您感興趣的基因,哪些factor在您關注的基因區域內結合,或者查找相應區段的顯著的轉錄因子結合peak。如果你有轉錄因子ChIP-seq(TF幹擾表達)數據,Cistrome-GO可以幫助你預測這個TF的功能。Cistrome DB還提供可視化功能,允許用戶在UCSCWashU中查看峰值和信號強度。支持單個或批量樣本的可視化。例如,基因組的一個超級增強子區域包含多個SOX2NANOG結合位點,並且富含中介體和H3K27ac信號。使用Cistrome DB,用戶可以選擇相關ChIP-seq樣本,利用sample batch view功能,在WashU genome browser上查看主轉錄因子之間的共結合模式。此外,Cistrome DB可以將數據導出到xrk向日葵app色板之前創建的Cistrome分析管道(Cistrome AP)中進行下遊分析。

 

         那麽如何查找某一轉錄因子A的靶基因,示例如下:

ChIP.png

 

操作方法:

1.       搜索不同細胞組織中感興趣的轉錄因子

         Cistrome DB包含兩個數據庫搜索選項,通過指定關鍵字,選擇相應物種或生物來源以及要研究的因子類型。可以查看詳細數據信息及注釋,點擊數據集可獲取分析結果和質控指標。

ChIP.png

 

2.每個ChIP-seq和DNase-seq樣本都有一個唯一的數據集ID, Cistrome DB為每個數據集(包含手動管理的元數據)進行注釋,包括物種、因素、生物來源、發布時間和處理狀態。單擊感興趣的dataset後,單個樣本的結果顯示如下。結果頁包含詳細的元數據注釋、質量控製報告、分析結果和下載部分。還可將數據發送到Cistrome分析管道進行隨後的分析。QC的詳細說明見ChiLin文件。

 

 

 

根據某個數據集查看結果:

ChIP.png

 

結果說明:

image.pngChIP.png

 

 

 

3. CistromeDB還可提供批量數據查看功能。選擇感興趣的數據集後,用戶可以將數據發送到genome browser進行關聯研究,如輔因子、染色質調節因子與組蛋白修飾之間的關係等。

 

ChIP.png

聯合分析展示:

ChIP.png

 

 

4.如何獲取ChIP-seq感興趣的目標,Cistrome DB提供了兩種搜索方式。通過點擊“get top putative targets”菜單來獲取最優結果。也可以輸入基因名或ID來搜索匹配結果。

 

ChIP.png

 

Toolkit分析包:

1. 輸入基因名稱, 可自定義TSS區域,查看有哪些轉錄因子可能調控該基因

2. 輸入基因組區域,查看有哪些轉錄因子可能結合在該區域

3. 輸入peak結果,查看哪些轉錄因子的結果與你的輸入結果有明顯的overlap,可以用於轉錄因子的聯合分析。

ChIP.png

 

搜索結果:

ChIP

 

還可使用箱線圖可視化查看。

ChIP

 

Cistrome DB是最為全麵的人和小鼠的ChIP_seq數據庫之一,通過該數據庫,可以方便的分析和挖掘基因和轉錄因子的調控關係,更多細節探索請移步官網。


         

IP類產品:ChIP-seq,DAP-seq,CLIP-seqRIP-seq,DRIP-seq,6mA-IPseq,MeRIP-seq,IP,Co-IP

測序產品:WGBS,ATAC-seq,WGS,RAD/GBS,smallRNA,LncRNA,轉錄組,精準轉錄組,全轉錄組,降解組

分子產品:EMSA,Y1H,Y2H,分子標記,熒光定量,載體構建

新星產品:ScWGBS,ScATAC,ScRNA-seq,CUT&RUN,CUT&Tag

其他產品:代謝組,修飾酶組


本文網址:http://www.celebsonice.com/news/525.html

關鍵詞:轉錄因子,ChIP,xrktw向日葵下载

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