Cistrome DB:人和小鼠的ChIP-seq數據庫

         Cistrome DB是一個較為全麵且公開的人類和小鼠ChIP-seq及開放染色質信息資源數據庫。其中的數據囊括了NCBI、ENCODE和一些表觀基因組學項目樣本中相關信息。該數據庫係統地為每個樣本標注了以下元數據:物種、生物來源(細胞係/種群、細胞類型、組織來源、疾病狀態)、轉錄因子名稱、PubMed ID和引文。元數據從對應條目中自動解析，然後可手動選擇轉錄因子名稱和生物源，以確保相關信息的一致性。ChIP-seq和開放染色質數據數量自2007年以來顯著增加。數據庫總共包含23319個ChIP-seq和染色質接近性樣本數據，其中小鼠9953個，13366個為人類。其中，轉錄因子和染色質調控因子的ChIP-seq是10276個，組蛋白修飾和變異的ChIP-seq為10680個，染色質可接近性1370個，其餘993個被歸為其他類。這些樣本數據包括人類713個不同的TFs和76個組蛋白修飾/變異，小鼠480個TFs和71個組蛋白修飾/變異。

         Cistrome DB可查找哪些factor調節了您感興趣的基因，哪些factor在您關注的基因區域內結合，或者查找相應區段的顯著的轉錄因子結合peak。如果你有轉錄因子ChIP-seq(和TF幹擾表達)數據，Cistrome-GO可以幫助你預測這個TF的功能。Cistrome DB還提供可視化功能，允許用戶在UCSC或WashU中查看峰值和信號強度。支持單個或批量樣本的可視化。例如，基因組的一個超級增強子區域包含多個SOX2和NANOG結合位點，並且富含中介體和H3K27ac信號。使用Cistrome DB，用戶可以選擇相關ChIP-seq樣本，利用sample batch view功能，在WashU genome browser上查看主轉錄因子之間的共結合模式。此外，Cistrome DB可以將數據導出到xrk向日葵app色板之前創建的Cistrome分析管道(Cistrome AP)中進行下遊分析。

         那麽如何查找某一轉錄因子A的靶基因，示例如下：

操作方法：

1.       搜索不同細胞組織中感興趣的轉錄因子

         Cistrome DB包含兩個數據庫搜索選項，通過指定關鍵字，選擇相應物種或生物來源以及要研究的因子類型。可以查看詳細數據信息及注釋，點擊數據集可獲取分析結果和質控指標。

2.每個ChIP-seq和DNase-seq樣本都有一個唯一的數據集ID, Cistrome DB為每個數據集（包含手動管理的元數據）進行注釋，包括物種、因素、生物來源、發布時間和處理狀態。單擊感興趣的dataset後，單個樣本的結果顯示如下。結果頁包含詳細的元數據注釋、質量控製報告、分析結果和下載部分。還可將數據發送到Cistrome分析管道進行隨後的分析。QC的詳細說明見ChiLin文件。

根據某個數據集查看結果：

結果說明：

3. CistromeDB還可提供批量數據查看功能。選擇感興趣的數據集後，用戶可以將數據發送到genome browser進行關聯研究，如輔因子、染色質調節因子與組蛋白修飾之間的關係等。

聯合分析展示：

4.如何獲取ChIP-seq感興趣的目標，Cistrome DB提供了兩種搜索方式。通過點擊“get top putative targets”菜單來獲取最優結果。也可以輸入基因名或ID來搜索匹配結果。

Toolkit分析包：

1. 輸入基因名稱， 可自定義TSS區域，查看有哪些轉錄因子可能調控該基因

2. 輸入基因組區域，查看有哪些轉錄因子可能結合在該區域

3. 輸入peak結果，查看哪些轉錄因子的結果與你的輸入結果有明顯的overlap,可以用於轉錄因子的聯合分析。

搜索結果：

還可使用箱線圖可視化查看。

Cistrome DB是最為全麵的人和小鼠的ChIP_seq數據庫之一，通過該數據庫，可以方便的分析和挖掘基因和轉錄因子的調控關係，更多細節探索請移步官網。

IP類產品：ChIP-seq,DAP-seq，CLIP-seq，RIP-seq，DRIP-seq，6mA-IPseq，MeRIP-seq，IP，Co-IP

測序產品：WGBS，ATAC-seq，WGS，RAD/GBS，smallRNA，LncRNA，轉錄組，精準轉錄組，全轉錄組，降解組

分子產品：EMSA，Y1H，Y2H，分子標記，熒光定量，載體構建

新星產品：ScWGBS，ScATAC，ScRNA-seq，CUT&RUN，CUT&Tag

其他產品：代謝組，修飾酶組