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lncRNA思路|全轉錄組+ChIP-qPCR,還能有7分?

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lncRNA思路|全轉錄組+ChIP-qPCR,還能有7分?

發布日期:2020-08-06 作者:程偉 點擊:

01
lncRNA

RNA作為遺傳信息傳遞的中心法則中重要的一環,是遺傳訊息的中間載體,參與蛋白的合成和基因表達調控。RNA在生物體中普遍存在,近年來,越來越多關於RNA的研究促進的表觀遺傳的發展,解決了不少表觀問題,其中研究較多的RNA有mRNA、miRNA、lncRNA等,也有近兩年新興的cirRNA和ceRNA機製等。


在生物體內,不同的RNA參與不同的調控機製,可能會導致不同的調控結果。MiRNA可以通過結合mRNA導致基因沉默,而ceRNA可以通過競爭性地結合miRNA來調控基因表達。一些lncRNA聚合在染色質結構上,使位於重疊和非重疊邊緣的多個基因沉默,他們與DNA或染色質修飾酶蛋白相互作用,並將其招募到目標區域。


大多數lncRNA都是通過RNA聚合酶II轉錄的,如PolII占用、50caps、與PolII轉錄延長相關的組蛋白修飾和聚腺苷酸化。已報道了很多關於lncRNA在腫瘤發生中發揮作用的反饋機製如PVT1/miR-30d-5p/RUNX2;PVT1/miR-455/RUNX2;CACS19/miR-140-5p/CEM2P等。本文就2019年在Gastric Cancer上發表的文章DLX6‑AS1/miR‑204‑5p/OCT1 positive feedback loop promotes tumor progression and epithelial–mesenchymal transition in gastric cancer來探討關於lncRNA和miRNA以及轉錄因子之間在腫瘤中的反饋機製。


1.png

1
研究材料

7個胃癌細胞係:MKN-7、MKN-28、MGC-803、HGC-27、MKN-45、AGS和SGC-7091和一個正常腸細胞係GES以及人胚胎腎細胞係293T

2
研究方法

qRT-PCR、ChIP-qPCR、WB、熒光素酶實驗

3
研究流程

2.png

4
研究結論

文章最後提出了lncRNA DLX6-AS1能抑製miR-204-5p的功能使其不能結合OCT1,從而增強OCT1的表達,OCT1的表達也能反饋促進lncRNA DLX6-AS1的轉錄,同時lncRNA DLX6-AS1能促進OCT1的轉錄後修飾,而OCT1的表達增強細胞增殖代謝等進程。

思路複製

思路複製

當然,作者很多的實驗結果借助了數據庫,比如375份胃癌樣本和32份正常樣本的RNA-seq數據來源於TCGA數據庫,miRNA預測借助了miRcode和 DIANA-LncBase數據庫,靶標基因借助了JASPAR。若是不懂得生信分析知識也沒有關係,現在全轉錄組分析能夠將測得的全部轉錄組信息進行整合分析,得到樣本中各種lncRNA-miRNA-mRNA互作示意圖,然後再將得到的互作關係進行驗證,實驗流程示意圖如下:

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關鍵詞:lncRNA,ceRNA,全轉錄組

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