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研究思路|單細胞轉錄組測序結合單細胞ATAC測序

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研究思路|單細胞轉錄組測序結合單細胞ATAC測序

發布日期:2020-09-21 作者: 點擊:

  單細胞測序技術因能解決細胞異質性問題,在腫瘤研究、免疫學研究、神經生物學研究、發育研究等領域得到了充分應用,近年來發展迅速。


  單細胞ATAC序列是一種在單細胞水平上研究染色質開放度的技術,主要用於轉錄調控序列的檢測。將單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)與單細胞ATAC測序(scATAC-seq)相結合,可以解決細胞的異質性,研究細胞的轉錄調控機製,是單細胞表觀遺傳學的突破。然後,通過一個文檔,我給大家展示一下如何一起使用scRNA-seq和scATAC-seq。


  在本研究中,作者利用健康人的外周血和骨髓單個核細胞構建了造血發育的免疫表型、轉錄組和表觀單細胞圖。通過對scRNA-seq和scATAC-seq的聯合分析,發現轉錄因子RUNX1在調節MPAL(混合表型急性白血病)中起重要作用。這種單細胞水平的多組工作為發育相關發病機製的研究提供了研究方法和數據支持。


  基因表達和表觀圖譜的構建

單細胞轉錄組測序

  利用健康個體的骨髓和外周血樣本構建基因表達圖譜和染色質開放圖譜,利用不同細胞類型的標記基因和轉錄因子的富集來比較不同方法的結果,進一步證實了聚類結果的準確性。


  骨髓增生異常綜合征患者的造血係統異常


  此外,以相同的方式對6名患有多相淋巴細胞白血病的患者進行測序,並將患者的單細胞數據映射到健康樣本的細胞圖中。結果表明,它們具有廣泛的表觀遺傳和基因表達多樣性,通過比較不同患者之間基因表達和染色質開放度的差異,發現不同患者之間存在顯著差異。


  確定疾病特異性轉錄調控程序的聯合分析


  通過作者開發的Peak-Gene關聯模型,對確定的Peak-Gene關聯進行聚類分析,發現染色質開放與基因表達之間存在三種主要的調控關係,分別是健康細胞特有的、患者特有的、兩者共有的。轉錄因子分析顯示,在幾乎一半的MPAL亞群中,與白血病相關的RUNX1顯著上調。經TCGA數據庫驗證,RUNX1靶基因高表達患者生存率明顯下降,表明轉錄因子RUNX1可能上調了MPAL部分白血病相關靶基因的表達。


  通過本文的介紹,xrk向日葵app色板提供了scRNA-seq和scATAC-seq聯合分析的思路,希望這種聯合分析方法能夠成功的應用到xrk向日葵视频app下污的研究中。新細胞擁有自主知識產權的單細胞測序技術平台,可為用戶提供全麵的單細胞測序技術服務,包括單細胞轉錄組測序和單細胞ATAC測序等。如果您還需要結合兩種單細胞方法進行研究,請盡快聯係xrk向日葵app。


本文網址:http://www.celebsonice.com/news/547.html

關鍵詞:單細胞轉錄組測序

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