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RAD-seq

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RAD-seq

  • 所屬分類:分子標記

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  • 發布日期:2018/11/20
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詳細介紹

簡化基因組測序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS),即對部分基因組進行序列測定。它是指利用限製性內切酶對基因組DNA進行酶切,並對酶切片段進行高通量測序的技術。

簡化基因組技術由於隻對酶切片段進行測序,可極大的降低基因組的複雜度,並且不受參考基因組的限製,無參考基因組的物種也可以使用該技術進行分子標記鑒定與開發,因此該技術廣泛應用於分子標記開發、遺傳圖譜構建、基因/QTL定位和全基因組關聯分析及群體遺傳分析與分子育種領域。

 

技術原理

RAD(Restriction-site-associated DNA sequencing)即與限製性核酸內切酶識別位點相關的DNA序列。RAD-seq技術於2008年由Baird提出。傳統RAD方法是對基因組DNA進行單酶切,加接頭後對酶切片段超聲波隨機打斷後建庫測序。

RAD又可分為dd-RAD、2b-RAD,SLAF-RAD等。

dd-RAD(double digest-RAD),即雙酶切RAD,采用識別稀有酶切位點+常用酶切位點的內切酶組合消化基因組,建庫過程沒有打斷片段的步驟。

2b-RAD則是利用一種IIB型內切酶消化基因組,可產生片段大小完全一致的片段。

SLAF-RAD實驗流程與dd-RAD相似,但建庫采用了非特異性接頭。

 

技術流程

 表觀組學技術服務

 

分析流程

基因表達定量

 

樣品要求

1、 動物組織:選取肌肉組織>50 mg

2、 植物組織:幼嫩葉片,>500 mg

3、 DNA:≥3ug,濃度>100 ng/μl

 

案例分享

通過分析NGS與位點相關的DNA測序(ddRADseq),建立高密度的單核苷酸多態性(SNP)的遺傳圖譜,對現有花生的分子標記資源和參考基因組序列的組裝做出了貢獻。

RAD-seq3.png 

 簡化基因組測序

表觀組學技術服務

 基因表達調控


本文網址:http://www.celebsonice.com/product/563.html

關鍵詞:表觀組學技術服務,基因表達定量,基因表達調控

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