RAD-seq

詳細介紹

簡化基因組測序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS），即對部分基因組進行序列測定。它是指利用限製性內切酶對基因組DNA進行酶切，並對酶切片段進行高通量測序的技術。

簡化基因組技術由於隻對酶切片段進行測序，可極大的降低基因組的複雜度，並且不受參考基因組的限製，無參考基因組的物種也可以使用該技術進行分子標記鑒定與開發，因此該技術廣泛應用於分子標記開發、遺傳圖譜構建、基因/QTL定位和全基因組關聯分析及群體遺傳分析與分子育種領域。

技術原理

RAD（Restriction-site-associated DNA sequencing）即與限製性核酸內切酶識別位點相關的DNA序列。RAD-seq技術於2008年由Baird提出。傳統RAD方法是對基因組DNA進行單酶切，加接頭後對酶切片段超聲波隨機打斷後建庫測序。

RAD又可分為dd-RAD、2b-RAD，SLAF-RAD等。

dd-RAD(double digest-RAD)，即雙酶切RAD，采用識別稀有酶切位點+常用酶切位點的內切酶組合消化基因組，建庫過程沒有打斷片段的步驟。

2b-RAD則是利用一種IIB型內切酶消化基因組，可產生片段大小完全一致的片段。

SLAF-RAD實驗流程與dd-RAD相似，但建庫采用了非特異性接頭。

技術流程

表觀組學技術服務

分析流程

基因表達定量

樣品要求

1、動物組織：選取肌肉組織＞50 mg

2、植物組織：幼嫩葉片，＞500 mg

3、 DNA：≥3ug，濃度＞100 ng/μl

案例分享

通過分析NGS與位點相關的DNA測序（ddRADseq），建立高密度的單核苷酸多態性（SNP）的遺傳圖譜,對現有花生的分子標記資源和參考基因組序列的組裝做出了貢獻。

簡化基因組測序

表觀組學技術服務

基因表達調控

所屬分類：分子標記