武漢xrk向日葵app色板生物科技有限公司
電話:027-87606602(市場部)
027-62431231(行政部)
Q Q : 270105245 465436937
1511879086 812115916
傳真:027-87606602
郵箱:support@celebsonice.com
地址:武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物園高農國際1棟
網址:www.celebsonice.com
SNP(single nucleotide polymophism),即單核苷酸多態,是由於單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態,形式包括單堿基的缺失、插入、轉換及顛換等。一般來說,一個SNP位點隻有兩種等位基因,因此又叫雙等位基因。SNP在人基因組中的發生頻率比較高,大約平均每1000個堿基中就有一個多態位點,有些SNP位點還會影響基因的功能,從而導致生物性狀改變甚至致病。單核苷酸多態性是研究人類家族和動植物品係遺傳變異的重要依據,因此被廣泛用於群體遺傳學研究(如生物的起源、進化及遷移等方麵)和疾病相關基因的研究,在藥物基因組學、診斷學和生物醫學研究中起重要作用。
技術方法
1.TaqMan探針法
針對染色體上的不同SNP位點分別設計PCR引物和TaqMan探針,進行實時熒光PCR擴增。探針的5’-端和3’-端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。當溶液中存在PCR產物時,該探針與模板退火,即產生了適合於核酸外切酶活性的底物,從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來,破壞兩熒光分子間的PRET,發出熒光。通常用於少量SNP位點分析(見圖1)。
圖1 某SNP位點分析結果 A.純合(G/G) B.雜合(G/T)
2、PCR測序:SNP分析的金標準,可發現未知SNP位點。
圖2 目的基因SNP測序結果
3、Hi-SNP分型服務
Hi-SNP結合多重PCR技術和高通量測序技術,對需要檢測的位點設計特異性引物,在單管內進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區分。混合樣本後,在Ion Proton/illumina 主流測序平台上,對擴增子進行高通量測序。測序結果使用生物信息學方法,區分不同的樣本,獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定,相比其他的SNP檢測技術,基於高通量測序的SNP分型具有更準確、更靈敏的特點。
樣品要求
細胞(≥10^6 )、組織(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因組DNA(≥20μl,濃度≥50ng/μl)
案例分享
通過對綿羊的2644個基因組位點進行擴增和重新測序,開發第一批分布在羊基因組中的SNP。進行了基於陣列的基因分型,以確定23個馴養品種和2個野生綿羊品種的多態性水平。
可供利用的公開SNP網上資源
1. 由美國國立衛生研究院(National Institutes of Health, NIH)提供的主要是與癌症和腫瘤相關的候選SNP數據庫:http://cgap.nci.nih.gov/GAI;
2. 由NIH開辟的適於生物醫學研究的dbSNP多態數據庫: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP;
3. 由人類基因組組織機構(Human Genome Organization, HUGO)維持的突變數據庫:http://ariel.ucs.unimelb.edu.au:80/~cotton/mdi.htm;
4. 由美國白頭研究所(Whitehead Institute for Biomedical Research Genome Institute)建立的人類SNP數據庫:http://wwwgenome.wi.mit.edu/SNP/human/index.html;
5. 由華盛頓大學(Washington University)支助的按染色體位置組織的SNP數據庫: http://www.ibc.wustl.edu/SNP;
6. 由瑞典卡爾林斯卡研究院(Karolinska Institute of Sweden)建立的HGBase數據庫:http://hgbase.cgr.ki.se/;
7. 由國際醫藥與信息加工公司聯合組成的SNP 研究聯盟(The SNP Consortium, TSC)建立的SNP 數據庫:http://snp.cshl.org/db/snp/map;
8. 由美國國立環境健康科學研究院(National Institute of Environmental Health Science)資助的猶他州大學SNP數據庫:http://www.genome.utah.edu/genesnps/。
企業名稱:武漢xrk向日葵app色板生物科技有限公司
電話:027-87606602(市場部) 027-62431231(行政部)
Q Q : 270105245 1511879086
465436937 812115916
傳真:027-87606602
郵箱:support@celebsonice.com
地址:武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物
園高農國際1棟
網址:www.celebsonice.com