SSR標記開發

所屬分類：分子標記
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發布日期：2018/11/20
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詳細介紹

微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重複序列（STR）或簡單重複序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重複序列。微衛星中重複單位的數目存在高度變異，這些變異表現為微衛星數目的整倍性變異或重複單位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多個位點的多態性。SSR標記能很好地將這些變異揭示出來，不同的SSR在不同的種甚至不同個體間的多態性。

技術原理

SSR（Simple Sequence Repeats），又叫微衛星DNA(Microsatellite DNA)。重複單元很短，隻有1-6 bp；重複數可變，總長度為幾十個bp，分布於整個基因組的不同位置上。微衛星DNA兩端的序列一般是相對比較保守的單拷貝序列，據此可設計特異引物進行PCR擴增。根據串聯重複數不同，便可以揭示微衛星DNA長度的多態性，具長度多態性的片段可用作分子標記。微衛星標記因具多態性豐富、重複性好、共顯性等優點廣泛應用於遺傳圖譜構建、種群遺傳學、指紋分析、係統發育等研究領域。

技術流程

儀器平台：ABI3730

表觀組學技術服務

技術優勢

傳統的SSR分子標記過程中存在挑克隆建庫等繁瑣的實驗流程，而本方案是通過高通量測序的方法來尋找一條高效快速的取代途徑。

1. 可進行未知基因組的物種進行SSR標記開發。

2. 文庫篩選率高，可高達70%；而傳統方法篩選率在30%左右。

3. 數據產出量高，可得到幾十萬條包含SSR位點的序列。

4. 結合高通量測序技術及強大的生物信息分析技術，可對整個未知基因組進行搜尋，提高分子標記的開發力度。更容易發現新的SSR標記。

5. 更專業的SSR標記分析係統，個性化的數據分析。

樣品要求

1. 基因組DNA：濃度≥100 ng/μl，總量≥10 μg，OD260/280介於1.8~2.0之間，電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整。樣品濃度越高越好。

2. 血液樣品：≥1ml，請使用專業抗凝管儲存樣品。

3. 動物組織樣品：要求新鮮動物組織，避免脂肪組織，各樣品重量＞10g，幹冰或液氮保存寄送。

4. 植物組織樣品：要求新鮮較嫩的葉片組織，各樣品重量＞10g，幹冰或液氮保存寄送。

5. 樣品保存期間切忌反複凍融。

6. 請使用冰袋或幹冰運輸，避免DNA降解。

7. 請填寫完整的送樣單，用自封袋密封後隨同樣品一起送樣。

8. 您還需要提供所有用於該項目實驗的引物及熒光標記的類型。

結果展示

基因表達調控

基因表達定量

部分公司合作文章

Xing W, Liao J, Cai M, et al. De novo assembly of transcriptome from Rhododendron latoucheae, Franch. using Illumina sequencing and development of new EST-SSR markers for genetic diversity analysis in Rhododendron[J]. Tree Genetics & Genomes, 2017, 13(3):53

Xu, Q., Zeng, X., Lin, B., et al. A microsatellite diversity analysis and the development of core-set germplasm in a large hulless barley (Hordeum vulgare L.) collection[J]. BMC Genet, 2017, 18(1), 102. doi: 10.1186/s12863-017-0563-x

Zhao, J., Huang, L., Ren, X., et al.. Genetic Variation and Association Mapping of Seed-Related Traits in Cultivated Peanut (Arachis hypogaea L.) Using Single-Locus Simple Sequence Repeat Markers[J]. Front Plant Sci, 2017, 8, 2105. doi: 10.3389/fpls.2017.02105