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CLIP-seq

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CLIP-seq

  • 所屬分類:表觀組學技術

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  • 發布日期:2018/11/20
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詳細介紹

CLIP-seq,又稱為HITS-CLIP,即紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的革命性技術。近幾年,這項技術也被應用到miRNA靶標鑒定等工作中。可以通過CLIP-Seq技術來進行miRNA靶基因的篩選。CLIP-Seq方法的應用能夠非常明顯地降低miRNA結合位點的假陽性預測頻率,並且減小miRNA結合位點搜尋空間的範圍,可以在全基因組範圍內鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結合位點。


技術原理

其主要原理是基於RNA與結合蛋白在紫外照射下發生耦聯,以結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質複合體沉澱之後,獲得其中的RNA片段,經添加接頭、RT-PCR等步驟,對這些分子進行高通量測序,再經生物信息學的分析和處理、總結,挖掘出其特定規律,從而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義。

 

技術流程

基因表達定量

樣品要求

1、 細胞數≥10^7

2、 商業化ICC/IF抗體

測序策略

SE50

案例分享

選擇野生型鼠傷寒沙門氏菌株SL1344及相關轉Flag標簽菌株的血清,利用CLIP-seq在不同種細菌類型中揭示了基因通過RNA結合蛋白進行翻譯後修飾新機理。

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參考文獻:Holmqvist E, Wright P R, Li L, et al. Global RNA recognition patterns of post-transcriptional regulators Hfq and CsrA revealed by UV crosslinking in vivo. Embo Journal, 2016, 35(9).


本文網址:http://www.celebsonice.com/product/574.html

關鍵詞:基因表達調控,基因表達定量,表觀組學技術服務

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