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與表觀遺傳的DNA和組蛋白修飾一樣，RNA也受到各種修飾，其中mRNA和lncRNA主要的修飾是即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修飾（N6-methyladenosine，m6A）。m6A的修飾在真核生物中非常保守，從酵母、植物到高等動物中都廣泛存在。研究發現，m6A是真核生物mRNA上很常見的一種轉錄後修飾，m6A在細胞加速mRNA代謝和翻譯，在細胞分化、胚胎發育和壓力應答等過程中起重要作用。目前對m6A RNA流行檢測手段為MeRIP-Seq技術。
技術原理
MeRIP-Seq技術其原理為通過特異識別m6A修飾的抗體，對細胞內具有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沉澱。通過對沉澱下來的RNA片段進行高通量測序，進而結合生物信息學分析，即可全基因組範圍內對m6A修飾的狀況進行係統研究。
技術流程
分析流程
樣品要求
1、細胞：10^8
2、組織：3~5g
3、RNA：300 μg；（OD260/280：1.6-2.3；RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7）
樣品運輸與保存
樣品運輸：樣品置於1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，幹冰運輸。
案例分享
研究者首先對YTHDF家族成員對m6A的親和力進行了檢測，發現該家族成員富集結合具有m6A修飾的RNA。為了確定mRNA發生了m6A修飾，研究者進行了meRIP-seq；同時對YTHDF2蛋白進行了PAR-clip實驗和RIP-seq實驗，來係統鑒定細胞內m6A的特征及其被YTHDF2結合的特征。作者發現，YTHDF2結合的RNA中，有59%可以在meRIP-seq中檢測到。且YTHDF2蛋白結合的m6A在mRNA的終止密碼子和3’UTR區具有很強的富集，暗示其可能調控mRNA的翻譯和穩定性。結果表明，YTHDF2結合m6A-RNA，並抑製這些RNA進入翻譯機器，同時降低mRNA的穩定性。
Figure 1. YTHDF2 selectively binds m6A-containing RNA
Figure 3. YTHDF2 affects SON mRNA localization in processing body (P-body)
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