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MeRIP-seq

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MeRIP-seq

  • 所屬分類:表觀組學技術

  • 點擊次數:
  • 發布日期:2018/11/20
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詳細介紹

與表觀遺傳的DNA和組蛋白修飾一樣,RNA也受到各種修飾,其中mRNA和lncRNA主要的修飾是即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修飾(N6-methyladenosine,m6A)。m6A的修飾在真核生物中非常保守,從酵母、植物到高等動物中都廣泛存在。研究發現,m6A是真核生物mRNA上很常見的一種轉錄後修飾,m6A在細胞加速mRNA代謝和翻譯,在細胞分化、胚胎發育和壓力應答等過程中起重要作用。目前對m6A RNA流行檢測手段為MeRIP-Seq技術。

 

技術原理

MeRIP-Seq技術其原理為通過特異識別m6A修飾的抗體,對細胞內具有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沉澱。通過對沉澱下來的RNA片段進行高通量測序,進而結合生物信息學分析,即可全基因組範圍內對m6A修飾的狀況進行係統研究。

 

技術流程

基因表達定量 

 

分析流程

基因表達定量 

 

樣品要求

1、細胞:10^8

2、組織:3~5g

3、RNA:300 μg;(OD260/280:1.6-2.3;RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)

樣品運輸與保存

樣品運輸:樣品置於1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,幹冰運輸。

 

案例分享

研究者首先對YTHDF家族成員對m6A的親和力進行了檢測,發現該家族成員富集結合具有m6A修飾的RNA。為了確定mRNA發生了m6A修飾,研究者進行了meRIP-seq;同時對YTHDF2蛋白進行了PAR-clip實驗和RIP-seq實驗,來係統鑒定細胞內m6A的特征及其被YTHDF2結合的特征。作者發現,YTHDF2結合的RNA中,有59%可以在meRIP-seq中檢測到。且YTHDF2蛋白結合的m6A在mRNA的終止密碼子和3’UTR區具有很強的富集,暗示其可能調控mRNA的翻譯和穩定性。結果表明,YTHDF2結合m6A-RNA,並抑製這些RNA進入翻譯機器,同時降低mRNA的穩定性。

基因表達調控 

Figure 1. YTHDF2 selectively binds m6A-containing RNA

表觀組學技術服務 

Figure 3. YTHDF2 affects SON mRNA localization in processing body (P-body)


本文網址:http://www.celebsonice.com/product/577.html

關鍵詞:基因表達定量,基因表達調控,表觀組學技術服務

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