scRNA-seq單細胞轉錄組

所屬分類：10x Genomics單細胞研究策略
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發布日期：2020/09/09
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詳細介紹

產品介紹

10X Genomics平台首先利用微流控技術分選單個細胞，然後將帶有barcode和引物的凝膠珠以及單個細胞包裹在油滴中；在油滴中凝膠珠溶解釋放反轉錄oligo，細胞裂解釋放mRNA，通過SMART法獲得用於測序的帶barcode的cDNA；液體油層破壞後，cDNA進行後續文庫構建，使用Illumina測序平台檢測，即可一次性獲得大量單細胞的基因表達數據，10min內自動完成多至80,000個細胞的捕獲，細胞捕獲率最高65%。可實現大量大細胞的快速高效標記、測序和分析，獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況，並通過對複雜細胞群體進行深入細致分析，繪製大規模單細胞表達圖譜。10x Genomics 單細胞應用廣泛，可應用的細胞類型有：生殖細胞、胚胎細胞、神經細胞、免疫細胞、腫瘤細胞、幹細胞、其他原代細胞。

scRNA-seq單細胞轉錄組.png

圖：10x 單細胞轉錄組實驗流程圖

技術流程

scRNA-seq單細胞轉錄組

樣本要求：

單個樣本細胞起始量達10⁵-10⁶個，活細胞數目需超過80%，建議在90%以上最佳。

案例分享

《譜係追蹤的轉錄圖譜聯係分化過程中的狀態與命運》

Lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation.Science, 2020.（IF=41.037）

研究背景

在細胞分化過程中，幹細胞和祖細胞通過命運決定的層次結構不斷前進，不斷完善它們的特性，直到達到功能的最終狀態。推斷祖細胞和其後代之間關係的黃金標準是譜係追蹤，在譜係追蹤中，一個祖細胞的子集通常使用標記細胞表達來定義標記基因的遺傳方法定位，，然後在稍後的時間點確定它們的命運。譜係圖是理解和控製分化的關鍵。

研究內容

研究人員使用表達的DNA條碼來克隆性追蹤時間轉錄組，並將其應用於研究造血過程中的命運確定。研究人員確定了潛在命運的狀態，並將它們置於連續的轉錄環境中。研究人員確定了在成熟細胞上留下印記的單核細胞分化的兩種途徑。然而，對姊妹細胞的分析也顯示出細胞具有固有的命運偏倚，而這種偏倚是無法通過單細胞RNA測序檢測到的。最後，研究人員從單細胞瞬時捕獲中進行了動態推理的計算方法基準測試，結果表明，命運的選擇比最先進算法檢測到的更早，並且細胞在擬時間中以精確且一致的動態穩定地進展。

scRNA-seq單細胞轉錄組