百色scATAC-seq

所屬分類：百色10x Genomics單細胞研究策略
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發布日期：2020/09/09
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詳細介紹

產品介紹

多數基因組中的染色質都緊緊盤繞在細胞核內，但也有一些區域經染色質重塑後呈現出鬆散的狀態，這部分無核小體的裸露DNA區域被稱為開放染色質（open chromatin），而DNA複製和基因轉錄都發生在這些區域。染色質的這種特性叫做染色質的易接近性（chromatin accessibility），通過研究細胞特定狀態下開放的染色質區域可以在DNA水平上了解其轉錄調控。10x scATAC-seq（Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，單細胞染色質易開放區域測序）基於GemCode微流體平台，利用Tn5轉座酶切割染色質的開放區域，並加上測序引物進行高通量測序，以高分辨率研究染色質開放區域，為成千上萬個單細胞提供全麵的染色質調控圖譜。

技術流程

scATAC-seq

樣本要求：

樣本類型：單細胞核懸浮液

樣本來源：細胞係、原代細胞、冷凍保存樣品

細胞核大小：小於40μm

數據量：推薦每個細胞核測2.5M reads

案例分享

《單細胞測序技術繪製哺乳動物染色質可接近性圖譜》

A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility. Cell, 2018, 174:1309-1324.e18.（IF=36.216）

研究背景

目前已經有大量關於細胞係和組織中全基因組染色質的可接近性的研究。然而，細胞係在體外培養的過程中會發生改變，組織被細胞類型異質性混淆。雖然在體內細胞類型可以流動分類和研究，但會耗費大量勞力，而且需要相關研究報道的標記來區分。

研究內容

研究應用單細胞ATAC-seq分析了5隻成年雄性小鼠13個組織約10萬個單細胞染色質可及性，最終得到81173個細胞，共鑒定出85個亞群和436,206種調控元件，並利用啟動子的相關基因對85個亞群的細胞類型進行注釋，呈現了哺乳動物不同細胞類型的染色質調控圖譜。聯合單細胞RNA-seq分析數據，發現兩種方法注釋的細胞類型表現出高度一致性；基於KNN分類將scRNA-seq中最常見的標記關聯到scATAC-seq數據，共同注釋細胞類型。利用全基因組關聯研究（GWAS）的數據，使用LDSC模型將人類的SNP提升到小鼠基因組中，根據DA峰值的重疊進行注釋，研究人類特征性疾病與細胞類型間的相關性。

scATAC-seq