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佛山RIP-seq

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佛山RIP-seq

  • 所屬分類:佛山表觀組學技術

  • 點擊次數:
  • 發布日期:2018/11/20
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詳細介紹

將RNA結合蛋白免疫沉澱(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay;RIP)技術第二代測序技術(Next-Generation Sequencing, NGS)相結合;RIP-seq (RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing),能夠通過免疫沉澱目標蛋白來捕獲蛋白體內結合的RNA。將捕獲的RNA進行高通量測序,可獲得RNA結合蛋白(RBP)在體內與眾多RNA靶標的結合模式,並對其結合強度進行精確定量,通過分析目的蛋白在體內結合RNA的動態變化,闡述出目的蛋白對基因表達調控的分子機製。

 

技術流程

RIP-seq 

 

分析流程

基因表達調控

 

樣品要求

1. 目的蛋白抗體(可用於IP)及其說明書

2. 細胞:≥10^8

 

案例分享

通過對HCT116(正常表達Wig-1的細胞係)Saos-2 (過表達Wig-1的細胞係)進行RIP-seq實驗,分別獲得了2335個和354個靶RNA,其中兩者共有的靶RNA為286。研究表明Wig-1與其靶mRNAs的結合是由位於轉錄本3′UTR區的ARE (AU富集元件) motifs調控的。

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圖1 共同靶向RNA分析

基因表達定量 

圖2 相關Motif分析

參考文獻:

Bersani, C., Huss, M., Giacomello, S., et al. (2016). Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis. Oncotarget, 7(2), 1895-1911. doi: 10.18632/oncotarget.6557

 


本文網址:http://www.celebsonice.com/product/579.html

關鍵詞:基因表達定量,基因表達調控,表觀組學技術服務

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