宿遷RIP-seq

所屬分類：宿遷表觀組學技術
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發布日期：2018/11/20
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詳細介紹

將RNA結合蛋白免疫沉澱（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay；RIP）技術第二代測序技術（Next-Generation Sequencing, NGS）相結合；RIP-seq （RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing），能夠通過免疫沉澱目標蛋白來捕獲蛋白體內結合的RNA。將捕獲的RNA進行高通量測序，可獲得RNA結合蛋白（RBP)在體內與眾多RNA靶標的結合模式，並對其結合強度進行精確定量，通過分析目的蛋白在體內結合RNA的動態變化，闡述出目的蛋白對基因表達調控的分子機製。

技術流程

RIP-seq

分析流程

基因表達調控

樣品要求

1. 目的蛋白抗體（可用於IP）及其說明書

2. 細胞：≥10^8

案例分享

通過對HCT116（正常表達Wig-1的細胞係）Saos-2 （過表達Wig-1的細胞係）進行RIP-seq實驗，分別獲得了2335個和354個靶RNA，其中兩者共有的靶RNA為286。研究表明Wig-1與其靶mRNAs的結合是由位於轉錄本3′UTR區的ARE (AU富集元件) motifs調控的。

表觀組學技術服務

圖1 共同靶向RNA分析

基因表達定量

圖2 相關Motif分析

參考文獻：

Bersani, C., Huss, M., Giacomello, S., et al. (2016). Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis. Oncotarget, 7(2), 1895-1911. doi: 10.18632/oncotarget.6557