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銀川ATAC-seq

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銀川ATAC-seq

  • 所屬分類:銀川表觀組學技術

  • 點擊次數:
  • 發布日期:2018/11/20
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詳細介紹

真核生物的核DNA纏繞在組蛋白上,形成串珠式的結構,且能進一步折疊、濃聚,並在其他架構蛋白的輔助下,形成染色體。然而DNA的複製、轉錄和修複,是需要將DNA的高級結構解開的。這部分打開的染色質,就叫開放染色質(open chromatin)。而打開的染色質,就允許一些調控蛋白(比如轉錄因子和輔因子)跑過來與之相結合。而染色質的這種特性,就叫做染色質的可進入性(chromatin accessibility)。ATAC-seq全稱Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用轉座酶研究染色質可進入性的高通量測序技術。

 

技術原理

經過改造後的Tn5轉座酶,優先插入到沒有蛋白保護的DNA區段(Open Chromatin),則該區段有富集,說明其屬於染色質鬆散暴露狀態,這個區域為轉錄活躍區域。

表觀組學技術服務 

 

技術流程

基因表達調控 

 

分析流程

基因表達定量 

 

技術應用

Ø 將ATAC-seq和RNA-seq進行整合研究,將會獲得對生物體(動物或植物)中的轉錄調控機製;宏觀分析細胞在該特定時空下整個基因組的轉錄調控網絡;探究不同時期關鍵轉錄因子。

Ø 通過ATAC-seq定義的open chromatin區域,再結合motif分析,識別哪種轉錄因子參與了基因表達調控

 

送樣要求

l 新鮮細胞

細胞培養於培養瓶中,在運輸前灌滿培養基,室溫運輸。

具體要求為:細胞數量>20萬,細胞狀態良好無汙染。


l 凍存細胞


對培養的細胞進行計數,按照每管5萬個細胞進行分裝,分裝好的細胞 4°C、500 g離心 5 分鍾。小心吸去全 部上清,加入500ul預冷PBS洗滌,4°C、500g離心5分鍾。小心吸去全部液體,將細胞沉澱用液氮進行速凍,幹冰運輸。

具體要求:細胞嚴格按照每管 5 萬個分裝,每個樣品分裝三管。


l 動物組織


新鮮的組織樣品取到1.5ml EP管中,用液氮進行速凍,幹冰運輸。

具體要求:動物組織量應當>1g,並且組織新鮮無降解,無結締組織或血塊存在。

l 植物組織

取新鮮的植物組織,用液氮進行速凍,幹冰運輸。

具體要求:盡量選取新鮮的幼嫩組織作為實驗樣品,樣品量應當>2g。

 

案例分享

將ATAC-seq和RNA-seq進行整合研究,獲得植物中的轉錄調控機製,探究同源基因調控差異。作者準備了擬南芥,苜蓿,番茄,水稻根尖部位細胞,還有擬南芥的根毛細胞和無根毛表皮細胞等樣本,對這些細胞進行純化後用ATAC-seq技術獲得了開放染色質序列。作者分析了四個物種中根尖細胞中THS (transposase hypersensitive sites)的數目以及到TSS的距離,發現除了番茄每個基因平均的THS數目相比其他三個物種較高,其他數據在不同物種中有較好的一致性。

基因表達定量 


本文網址:http://www.celebsonice.com/product/571.html

關鍵詞:基因表達定量,基因表達調控,表觀組學技術服務

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